De overlevering wil dat hier reeds omstreeks 650 een eerste kerk werd gebouwd, die door Sint-Elooi zelf zou zijn ingewijd. De eerste kerk van Helkijn werd bediend door de monniken van de Sint-Maartensabdij te Doornik. Het patronaat van de parochiekerk behoorde toe aan de Bisschop van Doornik, die tevens leenheer en gedeeltelijk eigenaar was van de Heerlijkheid Helkijn.
Het oudste aantoonbare kerkgebouw dateert van rond 1200. Archeologisch onderzoek bracht in de onderbouw van de huidige Sint-Jan-De-Doperkerk resten aan het licht van een éénbeukige Romaanse constructie in Doornikse steen.
Door haar strategische ligging op de grens tussen het Graafschap Vlaanderen en het fransgezinde Doornik speelde Helkijn meermaals een belangrijke rol op militair vlak. De kerk werd daardoor herhaaldelijk vernield. Tijdens de Negenjarige Oorlog (1688–1697) werden de kerkschatten geroofd en brandden Franse troepen het gebouw in 1694 volledig plat. Dankzij een bijzondere betoelaging van Louis XIV, waarschijnlijk als blijk van waardering voor de gastvrijheid die hij op “La Folie” (de huidige hoeve Maes) had genoten, kon de heropbouw reeds in 1705 worden voltooid. De bakstenen klokketoren werd in 1716 toegevoegd. Tijdens de Franse Revolutie werd de kerk opnieuw gesloten en de inboedel openbaar verkocht. Ook in de Eerste Wereldoorlog liep het gebouw zware schade op.
In 1990 volgde een grondige restauratie van het interieur, met steun van de gemeente, het bisdom en de Koning Boudewijnstichting. Het resultaat was een harmonieus geheel met gedifferentieerde witte muren, een zachtblauwe koorhemel en barokelementen uit de 18e eeuw.
In 2024 werd de Sint-Jan-De-Doperkerk opnieuw gerenoveerd, met steun van het Agentschap Onroerend Erfgoed. Daarbij werd niet alleen aandacht besteed aan de erfgoedwaarde van het gebouw, maar ook aan een toekomstgerichte invulling. De gemeente besliste om de kerk te herinrichten voor nevengebruik, zodat ze ook kan dienen als ontmoetings- en belevingsruimte.
Er werd een basisinstallatie voor klank en licht voorzien, waardoor de kerk geschikt is voor voorstellingen, concerten en evenementen. De gemeente en de cultuurraad maken er sindsdien meerdere keren per jaar gebruik van voor culturele activiteiten. Bovendien kan de kerk nu ook gehuurd worden door externen, wat bijdraagt aan een levendige dorpsgemeenschap en een duurzaam gebruik van dit waardevolle erfgoed.