Het Spierekanaal is mogelijks ernstig vervuild door de frequente werking van het overstort vanuit de Zwarte Spierebeek. Bijgevolg raadt Departement Zorg het recreatief gebruik (SUP, kajak) op het Spierekanaal af. Zwemmen is er sowieso verboden.
Tussen de Zwarte Spierebeek en het Spierekanaal bevindt zich een strook met een verlaagde berm, net afwaarts de N50 in Spiere-Helkijn. Bij veel regen stroomt het water van de Zwarte Spierebeek naar het Spierekanaal en wegens de vele regen heeft dit overstort dus veel meer gewerkt dan normaal. De waterkwaliteit van de Zwarte Spierebeek is echter slecht. In het Spierekanaal blijft het water gedurende langere periode hangen net voor de monding naar de Bovenschelde waardoor de vervuiling gemakkelijker naar bodem zinkt. Uit metingen van bodemstalen op het Spierekanaal blijkt dat de waterbodem inderdaad grote concentraties aan zware metalen bevat. Er worden binnenkort extra metingen door de Vlaamse Milieumaatschappij uitgevoerd.
Uit voorzorg raadt Departement Zorg het suppen en kajakken af op dit traject. Dit geldt zeker voor kinderen en mensen met een zwakkere gezondheid en in het algemeen voor onervaren suppers of kajakkers die vaak toch in het water belanden.